Yum Balam có nghĩa là được quản lý hợp tác với cộng đồng địa phương và cho phép săn bắn và câu cá hạn chế bởi người dân địa phương.[3] Trong thực tế, đã có nhiều tranh cãi về việc liệu các cộng đồng và tổ chức địa phương có tham gia đúng đắn vào việc ra quyết định hay không, với người dân địa phương và một số học giả bày tỏ lo ngại trong những năm 2000 rằng sự phát triển của khu bảo tồn có lợi cho các doanh nghiệp bên ngoài hơn các cộng đồng dân cư.

Năm 2018, một loạt các cuộc kiểm tra liên bang đã dẫn đến việc đóng cửa tạm thời hoặc hủy bỏ một số dự án phát triển được đề xuất hoặc hoàn thành một phần trên Isla Holbox bị phát hiện vi phạm các quy định quản lý khu vực được bảo vệ.[5] Cuối năm đó, Công báo Liên bang đã công bố kế hoạch quản lý phát triển cho Yum Balam nhằm đảm bảo rằng sự phát triển du lịch trong tương lai sẽ tương thích với việc bảo vệ môi trường của khu vực.[6]